网上支付跨行清算系统支持商业银行以及经中国人民银行批准获得支付业务许可证的非金融支付服务组织的接入，并可以向客户提供全天候的支付服务。
    功能主要体现在：一是支持银行业金融机构网上支付业务的发展与创新，为银行业金融机构提供安全、高效的公共清算平台；二是为经中国人民银行批准许可的非金融服务机构提供接入渠道，支持其通过灵活多样的方式为社会公众提供支付服务，促进电子商务的发展以及支付服务市场的繁荣。三是为适应网上支付可以在任何时间、任何地点、任何方式办理的业务特征。四是具备完善的风险管理措施。网上支付跨行清算系统采取净借记限额管理机制控制参与机构的信用风险，通过强化网络和数据安全、加强运行维护、建立灾难备份系统等措施，防范系统运行风险；通过制定业务处理及运行管理等制度办法，规范业务处理流程，明确各参与主体的权利和业务，加强对系统的监督管理，为系统的正常运行奠定法律基础。